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Laboratorio di Biologia-Istoanatomia - Scheda 2 (S2)

DATI DEL LABORATORIO:

Laboratorio di Biologia-Istoanatomia
AdF: 3. Analisi molecolari
Dove siamo: Viale delle Idee, 30 – 50019 Sesto Fiorentino (FI), piano primo, stanza n. 58 e 66

PERSONALE:

Responsabile Scientifico: Stefano Biricolti
Referente tecnico:  Massimo Gori
Responsabile gestione smaltimento dei rifiuti: Massimo Gori
Altro personale:  Roberto Natale (Assegno di ricerca), Lorenzo Bini (Assegno di ricerca), Gergely Ujvari (Borsista)

ATTIVITÀ E LINEE DI RICERCA:

Presso il laboratorio di “Biologia e Istoanatomia” si svolgono attività relative a genomica funzionale e alla caratterizzazione genetica degli organismi vegetali tramite l’analisi di marcatori molecolari.
Nello specifico vengono effettuate le seguenti attività: messa a punto di metodiche di estrazione degli acidi nucleici (DNA e RNA) da differenti matrici biologiche, amplificazioni PCR per l’analisi dei principali marcatori (RAPD, AFLP, ISSR, SSR, SNPs) e site-specific PCR per isolare ed amplificare geni o regioni di interesse (ad es. in piante transgeniche), analisi barcoding molecolare, clonaggio genico. Inoltre, il personale del laboratorio ha sviluppato una notevole esperienza nel sequenziamento del DNA (Sanger), nel dimensionamento di frammenti di DNA prodotti per PCR tramite elettroforesi capillare, nonché nella messa a punto e manutenzione di sequenziatori Sanger.
Il personale inoltre dispone e utilizza correntemente due piattaforme Real Time PCR per la quantificazione assoluta e relativa dell’espressione genica che per la messa a punto di saggi enzimatici.
Il personale inoltre cura la fase preparativa per analisi NGS e segue il processamento dei dati bioinformatici. Il laboratorio è inoltre attrezzato per l’analisi istologica di campioni vegetali a fresco e inclusi in resina. Il personale dispone di un’esperienza pluriennale nella preparazione dei campioni per la fissazione, disidratazione e inclusione in resine destinate al sezionamento (tramite microtomo rotativo) e osservazione in campo chiaro e in fluorescenza

STRUMENTAZIONI:

Nel laboratorio sono presenti tutte le strumentazioni base per le attività da svolgere: sistemi per macinare i campioni (Tissue Lyser), centrifughe sia refrigerate che non per tubi e per piastre, incubatori di vario genere (ventilati, statici e criotermici), stufe statiche e ventilate, agitatori lineari e orbitanti), strumenti di rilevamento delle immagini dei gel (Gel Doc) e spettrofotometro (Perkin Elmer Lambda 20). Alla strumentazione di base si aggiungono i seguenti strumenti analitici:

• RotorGene 6000 Corbett: è l’unico termociclatore per analisi real-time PCR che sfrutta l’aria per assicurare l’uniformità e la precisione della temperatura impostata unitamente ad un sistema rotante che impedisce la formazione di condensa nei campioni e aumentando l’efficienza di reazione. Per le analisi di espressione genica è in grado di utilizzare fino a 5 colori simultaneamente. Questo strumento è ideale per analisi in HRM (High Resolution Melting) ed è l’unico attualmente in grado di identificare SNP di classe IV più difficili in HRM. Viene utilizzato per applicazioni di genotipizzazione, per l’analisi quantitativa della metilazione, la scansione dei geni e la corrispondenza delle sequenze. Consente uno screening rapido e un’accurata rilevazione delle variazioni dello stato di metilazione CpG del DNA convertito in bisolfito.
• QIAxcel Advanced: sistema di elettroforesi capillare che sostituisce la tradizionale analisi tramite elettroforesi su gel di DNA e RNA, con caricamento automatico diretto da piastre PCR da 96 campioni ad alta intensità di lavoro semplificando i flussi di lavoro e riducendo i tempi. Il sistema QIAxcel Advanced automatizza completamente l’elettroforesi con una alta risoluzione fino a 96 campioni per serie. L’analisi dei frammenti di DNA di 12 campioni può essere eseguita in soli 3 minuti. Le cartucce di gel sigillate con Etidio Bromuro pronte all’uso sono di tre tipologie in base alla risoluzione: High resolution, Screening, Fast analysis. Il software QIAxcel ScreenGel supporta firme e registrazioni elettroniche, garantisce analisi e documentazione dei dati in diversi formati. Inoltre, fornisce un punteggio di integrità dell’RNA (RNA Integrity Score: RIS) con una misurazione obiettiva della qualità e dell’integrità del campione, importante per le fasi successive di analisi NGS (trascrittomica). Infine permette un confronto rapido (fino a 96 campioni) della dimensione di frammenti di acidi nucleici a bassa concentrazione tra 35 e 10.000 bp con una risoluzione di 2–5 pb.
• ABI 3130xl: l’Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer è un sequenziatore automatico di basi azotate che permette di rilevare molecole fluorescenti separate tramite elettroforesi capillare, prodotte con reazione di sequenza tipo Sanger o per marcatura di frammenti PCR (tipo SSR, AFLP, etc), Ideale per medie capacità di lavoro disponendo di 16 capillari e con la possibilità di un avvio semplificato e lavorazione in automatico per 24 ore. È uno strumento in grado di effettuare un’ampia varietà di procedure di sequenziamento nonché di analisi dimensionali dei frammenti. È infine in grado di lavorare su piastre di 96 o di 384 campioni
• Microtomo rotativo Reichart Jung 2040: Il Reichert-Jung Autocut 2040 è un microtomo rotativo robusto e preciso, con avanzamento di taglio, ideale per il lavoro di routine e di ricerca in istologia. Progettato per un uso professionale continuo, l’Autocut 2040 combina il controllo manuale con una guida automatica del taglio per ottenere sezioni uniformi e riproducibili.Grazie all’avanzamento automatico e alla regolazione micrometrica meccanicamente precisa, questo microtomo offre prestazioni di taglio accurate sia con lame in acciaio che in vetro.
• Microscopio in campo chiaro e fluorescenza Leica DM1000: il microscopio è facile da usare si adatta ad ogni utente, dallo studente al ricercatore. Dotato di prestazioni ottiche di gamma superiore, il microscopio Leica DM1000 è ideale per tutte le applicazioni di laboratorio. La dotazione di un illuminatore UV permette indagini accurate nel campo della fluorescenza

Real-Time PCR RotorGene 6000 Corbett

Elettroforesi capillare ad alta definizione QIAxcel Advanced

Sequenziatore automatico ABI3130XL

Termociclatori per reazione PCR

Microscopio in campo chiaro e in fluorescenza

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Biologia e Istoanatomia