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Laboratorio di Bioinformatica - Scheda 51 (S51)

DATI DEL LABORATORIO:

Laboratorio di Bioinformatica
AdF: 4. Analisi Dati e Modellistica
Dove siamo: Via Maragliano 77, piano terra, stanza 005

PERSONALE:

Responsabile Scientifico: Matteo Buti
Referente tecnico: 
Responsabile gestione smaltimento dei rifiuti: Susanna Pucci
Altro personale:  Alice Checcucci, Donatella Paffetti, Walter Vieri (dottorando), Riccardo Marziali (dottorando),

ATTIVITÀ E LINEE DI RICERCA:

Il Laboratorio di Bioinformatica, coordinato dal prof. Matteo Buti, è uno strumento fondamentale per le nostre ricerche nel campo della genetica agraria, in quanto ci permette di affrontare in modo efficace e su larga scala l’analisi dei dati genomici, epigenomici, trascrittomici, metabolomici e fenotipici legati alle specie che studiamo.

Le principali attività di ricerca del nostro laboratorio includono:

• Studi di trascrittomica (RNA-seq)
• Studi di epigenomica
• Assemblaggio e annotazione di genomi
• Identificazione di geni associati a tratti agronomici rilevanti
• Analisi della diversità genetica tra popolazioni o accessioni
• Analisi di marker molecolari, con sviluppo di mappe genetiche e mappaggio di QTL
• Applicazione di strumenti statistici e tecniche di machine learning per correlare genotipi, variabili ambientali e fenotipi

Tali attività ci permettono di elaborare grandi quantità di dati -omici e di ricavare informazioni chiave per comprendere i meccanismi molecolari alla base di tratti agronomici complessi, come la resistenza a stress biotici e abiotici, l’efficienza d’uso dei nutrienti, e le risposte molecolari di diverse accessioni a stimoli esterni comuni.

Nel laboratorio si svolgono ricerche sia di base che applicate. Collaboriamo attivamente con gruppi di ricerca nazionali e internazionali, partecipando a progetti multidisciplinari orientati allo sviluppo di un’agricoltura sostenibile, resiliente e ad alto valore aggiunto. La formazione di studenti e giovani ricercatori rappresenta inoltre un obiettivo strategico, con attività didattiche dedicate all’uso di software bioinformatici, linguaggi di programmazione (come R) e piattaforme per l’analisi di big data in ambito agrario.

STUMENTAZIONI:

Supermicro server con 48 CPU Intel Xeon Gold 5220R; Sistema operativo: Ubuntu 22.04.5 LTS; Storage: 1 SSD Samsung, 6 hard disk Western Digital.